1、发票的抵扣期限
一般纳税人认证通过的防伪税控系统开具的增值税专用发票申报抵扣时间仅限于当月，且必须在认证通过的当月按照增值税有关规定核算当期进项税额，否则不予抵扣。对于上月认证通过的专用发票如果上月没有申报抵扣，通常情况下在本月是不能抵扣进项税额的。
2、发票丢失的处理
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的丢失增值税专用发票已报税证明单，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
3、开具发票的时间
务必按规定的时限开具增值税专用发票，不得提前或滞后，如采用预收货款、托收承付、委托银行收款结算方式的为货物发出的当天；采用交款提货结算方式的为收到货款的当天；采用赊销及分期付款结算方式的为合同约定的收款日期的当天；将货物交付他人代销的为收到受托人送交的代销清单的当天。
4、发票的使用期限
正常经营的一般纳税人领用增值税专用发票虽然没有规定使用期限，但被取消一般纳税人资格的纳税人必须及时缴销包括空白专用发票和已使用过的专用发票存根联；一般纳税人发生转业、改组、合并、分立、联营等情况，也必须在变更税务登记的同时，缴销包括空白专用发票和已使用过的专用发票存根联。
5、开具红字专用发票
因开票有误购买方拒收增值税专用发票的，销售方必须在专用发票认证期限内向主管国税机关填报申请单，并在申请单上填写具体原因以及相对应蓝字专用发票的信息，同时提供由购买方出具的写明拒收理由、错误具体项目以及正确内容的书面材料，报主管税务机关审核确认后凭通知单开具红字专用发票。
6、发生退货的处理
一般纳税人开具增值税专用发票后发生销货退回、销售折让以及开票有误等情况需要开具红字专用发票的，在销售货物并向购买方开具增值税专用发票后，由于购货方在一定时期内累计购买货物达到一定数量，或者由于市场价格下降等原因，销货方给予购货方相应的价格优惠或补偿等折扣、折让行为，销货方可按规定开具红字增值税专用发票，并在开具红字专用发票后将该笔业务的相应记账凭证复印件报送主管国税机关备案。
7、发票的保管期限
一般纳税人必须将经税务机关认证相符、用于抵扣进项税额的增值税专用发票作为记账凭证进入账务处理，不得擅自退还给销售方，并按规定将税款抵扣联装订成册，进行妥善保管，保管期限为5年，保存期满后报经主管国税机关查验之后销毁。一般纳税人销售的货物，由先征后返或即征即退改为免征增值税后，如果其销售的货物全部为免征增值税的，应按规定上缴结存的增值税专用发票，没有特殊情况不得领购和使用专用发票。
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