建立国库集中收付制度，改革了财政资金的支出方式，支出按照不同的支付主体分别实行财政直接支付和财政授权支付。实行财政直接支付的支出包括：工资支出、购买支出和转移支出；实行财政授权支付包括：未实行财政直接支付的购买支出和零星支出。建立国库集中收付制度，基本上不改变现行资金申请拨付程序，不改变预算单位资金使用权限，不改变会计核算和财务管理职责，但将引起预算单位的会计核算和财务管理模式的变革，也必将对单位尤其是财务部门的机构设置和职责定位产生一定的影响。
我国现行的财政性资金缴库和拨付方式，是通过征收机关和预算单位设立多重账户分散进行的。这种在传统体制下形成的运作方式，已经不适应公共财政的发展要求，存在的弊端主要是：重复和分散设置账户，导致财政资金透明度不高，不利于对其实施有效管理和全面监督；财政收支信息反馈迟缓，难以及时为预算编制、执行分析和宏观经济调控提供准确依据；财政资金入库时间延滞，收入退库不规范，大量资金经常滞留在预算单位，降低了使用效率，财政资金使用缺乏事前监督，截留、挤占、挪用等问题时有发生，甚至出现腐败现象。国库集中收付制度，从根本上改变了过去财政分散管理、部门多头开户的混乱局面，铲除了腐败的根源。
所谓国库集中收付制度是指将所有财政性资金全部集中到国库单一账户，并规定所有的支出必须由国库直接支付给商品或劳务供应者或用款单位，实行收支两条线管理。在这种制度下，财政资金的使用由各部门、单位根据细化的预算自主决定，由财政部门核准后支出，财政资金将由国库单一账户直接拨付给商品和劳务供应商，而不必经过支出单位进行转账结算。为便于各部门、单位小额零散支出的需要，财政部门可为预算单位设立小额现金账户和当日清算的零余额账户，在实际支付之前，所有资金都集中在国库，财政部门可以统一调度。
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