开票金额与营业税计税金额相一致的情况比较好理解，下面主要分析其他四种不一致的情况：
（二）开票金额小于计税金额
根据《营业税暂行条例》规定，纳税人从事建筑、修缮、装饰工程作业，无论与对方如何结算，其营业额均应包括工程所用原材料及其他物资和动力的价款在内。对采取包工不包料，材料由建设方提供的情况下，施工方按实际取得的工程款开具发票，由于存在部分材料由建设方自行购买的情况（也称甲供材料），根据上述建筑业计税营业额的规定，甲供材料的价值也应并计营业额，所以施工方在此情况下营业税计税依据大于其开票金额。
（三）开票但不纳税的情况
1、属于发票开具范围，但不是营业税应税行为
如根据现行税收政策规定，垃圾处置费不属于营业税征收范围，不征营业税。若企业实际发生了垃圾处置行为并取得了收入，按规定企业可开具如《服务业统一发票》，而企业不需对此做纳税申报。对这种情况，应加强对企业发票开具的管理，防止企业因开票不纳税而虚开、多开发票的行为。
2、不属发票开具范围，也不是应税行为
如不动产投资入股，根据《营业税暂行条例》规定，不动产投资入股的，不征营业税。而且从发票开具范围来看，也未发生款项的收付，所以无需开具发票。但根据房地产一体化管理的需要，我市出台了相关文件，规定企业以不动产投资的，也须开具发票，其目的是为了以发票来监控不动产转让（过户）中可能涉及的税收问题，体现不动产流转各环节的完整性。虽然这种情况下实际开票时也不需缴纳营业税，但实际操作可能产生两个问题，一是开具发票缺乏法律依据；二是由于未对开具的发票作特殊注明，不利于不动产再次转让时的监管，可能产生不符合规定的抵扣，造成税款流失。笔者认为对这种情况，应依据财务制度及相关的规定，以双方的投资协议及作价入账，征收机关只要加强对投资的实质审核即可，而无需开具发票。
（四）票与税在逻辑上不一致的情况
企业发生了某项营业税应税行为，因为某些原因，无法开具对应的发票，而只能以另一种发票代替。如速递业务，根据财税[2003]16号文件的规定，单位和个人从事速递业务的按“邮电通信业”税目征收营业税。据此规定，所有从事快递业务的单位和个人应开具邮政业发票，并按“邮电通信业”征收营业税，这样票与税就相互对应。但在实际工作中，邮政业发票只有邮政企业才可领取，其他非邮政企业无法取得，这就会造成从事快递业务的非邮政企业使用的是非邮政发票，营业税却按邮政业征收的不一致情况（实际大量非邮政快递企业按交通运输业进行了管理，造成了有政策却无法执行的问题）。这是因为快递业按邮政业税目征收的政策和发票管理制度不相适应。按营业税的基本原理，快递业务按交通运输业征收营业税更加合理。对此，笔者建议在征管实践中，非邮政快递企业可开具其他类型的发票（暂时替代），营业税按“邮电通信业”征收，实现票税分离。
（一）开票金额大于计税金额
这种情况主要是由营业税差额征收引起的，而差额征收在建筑业营业税体现较多，所以就以此为例。如施工单位从事设备安装，设备也由其提供的情况。对此，施工单位按收取的款项，包括设备款开具发票。而根据现行营业税政策，设备可以作为营业税计税依据的扣除项目，所以施工单位在申报营业税时，可凭购买设备的发票予以扣除，从而导致发票金额大于计税金额。
总之，随着各税种具体政策的变革，尤其是营业税差额征收政策的深化，实际征管中营业税的难点问题愈来愈多，发票与纳税的关系已逐渐分离。如果再一味机械地理解“以票控税”则会使实际工作很难开展，所以笔者认为应树立实质课税和“票税分离”的理念，这样才能适应新形势下的营业税征管。
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